از مدت‌ها پیش بحث ادغام سازمان محیط زیست و منابع طبیعی مطرح شد و کارشناسان این دو سازمان به نقد و بررسی این مسأله پرداختند. عده‌ای بر این باور بودند که تلفیق این دو سازمان می‌تواند کمک زیادی به حفظ محیط زیست و منابع طبیعی باشد.

سبزینه نوشت: این گروه معتقد بودند که می‌توان مانند تجربه‌ای که کشورهای صنعتی آن را پشت سر گذاشته‌اند، از ادغام این دو سازمان در جهت حفظ بیش‌تر آن‌ها استفاده کرد؛ اما گروه دیگری از کارشناسان که با این ادغام مخالف بودند، مدعی می‌شدند که ادغام این دو سازمان می‌تواند ناظر و مجری را در یک قالب قرار دهد و این عملاً امکان‌پذیر نخواهد بود. آن‌ها معتقدند که سازمان محیط زیست مجموعه‌ای نظارتی است و سازمان جنگل‌ها و منابع طبیعی سازمانی اجرایی، و به همین دلیل نمی‌توان گفت ناظر بر کار مجری نظارت دارد؛ اما با وجود همه این بحث‌ها و چالش‌ها این طرح در کمیسیون کشاورزی مجلس شورای اسلامی مطرح شد و در حالی که تنها یک رأی موافق داشت، از مطرح‌شدن در جلسه علنی باز ماند. 

نظر افضلی، نماینده نهبندان و سربیشه می‌گوید: این طرح کاملاً ابتدایی و هنوز اشکالات زیادی به آن وارد بود. آن‌قدر این طرح چالش داشت و نپخته بود که هیچ کدام از نمایندگان به آن رأی نداند و هر کدام ایرادی بر آن وارد کردند. عضو کمیسیون کشاورزی و منابع طبیعی در ادامه می‌گوید: از آن زمانی که جهاد سازندگی را منحل کردند، بزرگ‌ترین ظلم به مردم شد و این نشان می‌دهد چنین اتفاقاتی خیلی نتایج خوبی به دنبال ندارد. این اتفاق مثل این می‌ماند که برق وزارت نیرو زیر نظر وزارت نفت برود. در واقع این موضوع اصلاً عملی نیست و کاملاً غیر کارشناسی است. وی در ادامه می‌گوید: سازمان محیط زیست بسیار گسترده است و این تجمیع را بهتر از این می‌توان در نظر گرفت و در واقع می‌توان گفت هنوز محیط زیست مطالعه درستی روی آن انجام نداده است. حبیب‌الله نیکزادی، عضو دیگر کمیسیون کشاورزی، نیز در ادامه می‌گوید: نخستین سوالی که از طراحان این طرح پرسیده می‌شد این بود که چطور به ذهنشان خطور کرد که می‌توان منابع طبیعی و محیط زیست را ادغام کنند، در حالی که اصلاً چنین ادغامی قابل انجام نیست. نماینده مردم بم در ادامه می‌گوید: منابع طبیعی از عوامل زیست‌محیطی است که اهمیت بسیار بالایی دارد و حفظ آن بر همه واجب است؛ اما از سوی دیگر مسائل و موضوعات دیگری داریم که با محیط زیست عجین هستند؛ مثل بیمارستان‌ها که از مسائل زیست‌محیطی به حساب می‌آیند. وی در ادامه می‌گوید: در همه جای دنیا محیط‌زیست مهم‌ترین فاکتور برای زیست انسان است و حتی در بسیاری از کشورها وزارتخانه مجزا دارد؛ اما در کشور ما منابع طبیعی زیرمجموعه وزارت جهاد کشاورزی است و سازمان محیط زیست و منابع طبیعی هر کدام به‌طور مستقل کار خودشان را انجام می‌دهند؛ به همین دلیل چه لزومی برای ادغام این دو سازمان وجود دارد؟ وی با اشاره به ادغام‌هایی که در سال‌های قبل انجام شده است، می‌افزاید: تجربه نشان داده که هیچ‌کدام از ادغام‌های سازمان‌ها و ارگان‌های مختلف نتیجه خوبی در پی نداشته است و عملکرد سازمان‌ها را نه تنها تقویت نکرده، بلکه آن‌ها را تضعیف هم کرده است؛ مثل تشکیل وزارت صنعت، معدن و تجارت که بعد از ادغام سه وزارتخانه کارایی قبل را از دست داد؛ درست مثل اتفاقی که در وزارت کار و رفاه هم افتاد. نیکزادی در ادامه می‌گوید: تنها کاری که می‌توان انجام داد این است که کارایی سازمان‌ها را افزایش بدهیم و اگر بتوانیم پتانسیل این سازمان‌ها را بالا ببریم، نیازی به ادغام این سازمان‌ها باقی نمی‌ماند. در واقع راه‌حلی که در این‌جا مهم به نظر می‌رسد این است که باید حاکمیت محیط زیست را ثابت کنیم تا بتواند هر جا که باید، درست تصمیم بگیرد. عضو کمیسیون کشاورزی مجلس در ادامه می‌گوید: ما در کشور محیط زیست داریم؛ اما محیط زیست ما قدرت اجرایی ندارد و سازمان‌های مختلف در خیلی از مواقع روی حرف این سازمان حرف می‌زنند و تصمیمات این سازمان را نقض می‌کنند، بدون آن‌که محیط زیست بتواند قدرت اجرایی داشته باشد. درباره منابع طبیعی هم وضع به همین صورت است. منابع طبیعی در خیلی از قسمت‌ها دچار کمبود است و اگر نیروی انسانی، منابع مالی و مشکلات این سازمان را برطرف کنیم می‌توانیم امیدوار باشیم که این سازمان بتواند راهش را پر صلابت‌تر ادامه دهد. از سوی دیگر یکی دیگر از مشکلاتی که اجرای این طرح با خود به همراه دارد این است که امکان انجام هیچ طرحی در منابع طبیعی وجود ندارد و این موضوع مشکلاتی را با خود به همراه می‌آورد. رئیس سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخیزداری کشور نیز در سخنانی اعلام کرد: ادغام این دو سازمان در واقع تضییع حقوق هر دو سازمان است. خداکرم جلالی  در ادامه می‌گوید: محیط زیست یک سازمان حاکمیتی و نظارتی است؛ یعنی نظارت بر شاخص‌های زیست‌محیطی در بخش‌های صنعتی، تولیدی و خدماتی برعهده سازمان محیط زیست است؛ اما سازمان جنگل‌ها، مراتع و آبخیزداری کشور یک سازمان کاملاً اجرایی بوده و حدود ۱/۶یلیون نفر از شاغلان کشور مرتبط با بخش منابع طبیعی هستند. ضمن این‌که وابستگی تفکیک ناپذیری میان سازمان جنگل‌ها با بخش‌های دامداری، روستایی و عشایری وجود دارد. رئیس سازمان جنگل‌ها با بیان این‌که این سازمان  درحال حاضر ۸۳ درصد از عرصه کشور را مدیریت می‌کند، افزود: سازمان جنگل‌ها یک بخش اجرایی مهم کشور در حوزه منابع پایه‌ای مانند آب و خاک است؛ بنابراین ادغام یک سازمان نظارتی در سازمان اجرایی به نوعی تضییع حقوق هر دو سازمان به حساب می‌آید. جلالی با بیان این‌که برنامه وزارت جهاد کشاورزی در اراضی شیب‌دار تبدیل اراضی به باغ‌های دیم در مستثنیات مردم است، می‌افزاید: در حال حاضر معاونت زراعت جهاد کشاورزی حدود ۵۰۰ تا یک میلیون هکتار از اراضی شیب‌دار دارای زراعت دیم متعلق به مردم را تبدیل به باغ‌ می‌کند که در واقع این موضوع همان نقش جنگل‌ها را در مناطق مختلف ایفا می‌کند؛ بنابراین اگر ساختارهای شکل گرفته در سازمان جنگل‌ها را به یک سازمان دیگر منتقل کرده و وزارتخانه‌ای جدید شکل بگیرد، به‌طورحتم تقابل و تعارض میان سازمان‌ها شرایط را به لحاظ تعادل در اکوسیستم تغییر می‌دهد.