مواردی مانند تهدید ذخایر و منابع آب منطقه، آلودگی آبهای سطحی و زیرزمینی، از بین رفتن مراتع، درخطر قرار گرفتن حیاتوحش، ایجاد ریز گرد و گردوغبار، از بین رفتن جاذبه گردشگری اصلی منطقه، از بین رفتن پوشش گیاهی و درختان، چالش مدیریت باطله و ایجاد سیلاب در اثر دپوی باطله در مسیر آب و درهها به عنوان آسیبهای معدن بوکسیت شاهوار در مقوله زیستمحیطی و اجتماعی عنوان شده است.